السيسي وتحت شعار "الحرب على الإرهاب"، ينفذ العديد الانتهاكات ضد منظمات المجتمع المدني المعنية بالدفاع عن حقوق الإنسان، بالإضافة للتخلص من معارضين سياسيين كانت لهم آراء مخالفة لتوجهاته في التعديلات الدستورية والانتخابات الرئاسية.